航空公司代码也是分两种，一种是二字代码，另一种是三字代码。
和机场代码一样，航空公司二字代码由国际航空运输协会IATA分配，是IATA按照762号决议的规定指定。航空公司三字代码由国际民用航空组织ICAO分配（ICAO总要比IATA要多一位）。
我们平时经常接触的是IATA的二字代码，用以识别各个航空公司，包括航空提单、航班预订、票务处理、飞行日历等等，而ICAO三字代码主要是用在空管调度和航空计划协调等情况，我们平常很少会接触到。
航空公司二字代码通常由两个字母组成，当字母不够用的时候也有用字母+数字的方式。一些外国航空公司的二字代码申请得比较早，可以获批与航空公司名称相关性比较强的代码，直接由该航司英文名称的单词首字母组成，例如美国航空公司，英文全称American Airlines，航司二字代码AA；美国联合航空公司，英文全称United Airlines，航司二字代码UA；法国航空公司，英文全称Air France，航司二字代码AF；英国航空公司，英文全称British Airways，航司二字代码BA。
航空公司的三位数字代码，例如999代表国航CA，176代表阿联酋航空EK，157代表卡塔尔航空QR，220代表汉莎航空LH等等。这些数字代码由各家航空公司向IATA申请，并需要在ICAO备案，是国际空运结算过程中必不可少的代号之一，其专业术语称为航空公司票证代码或者会计代码，一律是由三位纯阿拉伯数字组成。数字代码也用于在各种会计活动中识别航空公司，例如航空运单、旅行票务、运费结算等等。我们平时最常见的就是出现在提单或者机票上的三位前缀数字。
